La Fuaj est composée de quarante associations dites "associations ajistes gestionnaires", de cent cinquante cinq auberges et dix-neuf points d'information et de réservation.
La Fuaj accueille ses adhérents sans limite d'âge (individuels et groupes) et a diversifié ses activités. En effet, traditionnellement tournées vers l'accueil international des jeunes qui voyagent à travers le monde, les auberges de jeunesse offrent aujourd'hui plus de cinquante activités sportives, culturelles et touristiques s'appuyant principalement sur les richesses de leur environnement immédiat (rencontres internationales, stages sportifs, séjours et classes de découverte sur des thèmes variés : gastronomie, préhistoire, nature, ski, photo...) destinées à tous ceux qui désirent s'initier ou se perfectionner.
La Fuaj est, en outre, le seul maillon français d'un réseau de 4 200 auberges de jeunesse, implantées dans quatre-vingt un pays et regroupées au sein de l'IYHF (International Youth Hostel Federation) dont elle est membre et administrateur.
Les auberges de jeunesse mettent par ailleurs en œuvre des partenariats locaux destinés à répondre aux besoins de proximité des associations et des communes. De ce fait, le concept a évolué et la multi-fonctionnalité des équipements est aujourd'hui le principe de base pour faire cohabiter harmonieusement espaces collectifs et individuels. Le schéma classique disparaît peu à peu pour laisser la place à des chambres collectives, de capacité restreinte (quatre à six lits) et des espaces de vie favorisant avant tout la rencontre inter culturelle et le brassage social.